Dans un lointain passé, les souverains détenant les Saints sceaux (« Crest ») avaient pour mission d’apporter la paix au sein de leur peuple. Mais leur soif de pouvoir les poussa à se livrer bataille les uns contre les autres. Siluca, une magicienne solitaire, éprouve depuis toujours une haine farouche contre ces seigneurs sans foi ni loi. Elle fait, un jour, la rencontre d’un jeune chevalier vagabond, Theo, lancé dans un voyage initiatique afin de revenir délivrer son pays natal de la tyrannie. Les deux jeunes gens décident alors de sceller un pacte pour atteindre ensemble leurs idéaux. Maître et servant échangent ainsi un serment qui pourrait apporter le vent de la réforme sur le continent d’Atlatan. Ainsi commencent les chroniques des guerres fantaisistes de Grancrest !

Macross Delta se déroule lors de l'année 2067, 8 ans après les événements de la dernière série TV Macross, Macross Frontier. L'histoire se concentre sur Walküre, une équipe d'idoles talentueuses et pilotes de Valkyrie, ainsi que sur l'escadron Delta, un groupe de pilotes de Valkyrie expérimentés dans leur combat contre le syndrome Var, une entité mystérieuse qui consume la galaxie. Ils devront aussi affronter les mystérieux Chevaliers Aériens, un groupe de pilotes de Valkyrie du Royaume du Vent.